Chuyên đề Vi sinh lâm sàng

PGS. TS. ĐOÀN MAI PHƯƠNGKHOA VI SINH – BỆNH VIỆN BẠCH MAIThảo luận chuyên đềVI SINH LÂM SÀNGNội dungMột số khái niệmGiới thiệu một số thành tựu nổi bật hiện nay của VSYH Vai trò của phòng xét nghiệm Vi sinh lâm sàngĐảm bảo chất lượng xét nghiệm Vi sinhDanh mục xét nghiệm Vi sinh - Bộ y tếCác kỹ thuật đang thực hiện tại khoa Vi sinh - BV BMDiễn giải các kết quả xét nghiệm Vi sinhXu hướng đề kháng kháng sinh của các vi khuẩn gây bệnh thường gặp1. Một số khái niệmVi sinh vật là những sinh vật sống có kích thước nhỏ bé mà mắt thường không nhìn thấy được.Vi sinh vật bao gồm: vi khuẩn, virus, vi nấm, đơn bàoVi sinh vật học là khoa học nghiên cứu về các vi sinh vật.Vi sinh vật y học là khoa học nghiên cứu về các vi sinh vật có lợi và có hại cho con người.Vi sinh lâm sàng là phòng xét nghiệm vi sinh của các bệnh viện, chủ yếu phát hiện các vi sinh vật gây bệnh từ các bệnh phẩm lâm sàng.2. Một số thành tựu nổi bật của vi sinh y học1. Lĩnh vực chẩn đoán bệnhChẩn đoán được tất cả các bệnh nhiễm trùng Rút ngắn thời gian chẩn đoán và tăng độ chính xác: HIV ở trẻ sơ sinh, chẩn đoán lao và lao kháng thuốcKhắc phục những hạn chế của phương pháp chẩn đoán kinh điển: Phát hiện sớm nhiều bệnh nhiễm trùng giai đoạn “cửa sổ”Phát hiện kháng thuốc ở mức độ phân tử: Vi khuẩn lao, MRSAVirus HIV, HBV, HCVPhát hiện những mầm bệnh mới lạ, đột biến, mầm bệnh dùng vào chiến tranh sinh học: E. coli đột biến gây bệnh ở châu Âu, năm 20112. Một số thành tựu nổi bật của vi sinh y học2. Lĩnh vực điều trị bệnhGóp phần điều trị một số bệnh hiểm nghèo:Phát hiện vi khuẩn, vi nấm, virus kháng thuốc:Kiểu hình: Định tính, Định lượngKiểu gen: Phát hiện gen đề khángTheo dõi hiệu quả điều trị ở mức độ phân tử: Viral loadDùng virus không gây bệnh đưa thuốc vào tế bào để điều trị ung thưĐưa gen lành vào gen tế bào để thay thế gen bệnh: Parkinson, Alzheimer, tiểu đường 2. Một số thành tựu nổi bật của vi sinh y học3. Lĩnh vực phòng bệnhPhát triển nhiều loại vắc xin: Vắc xin tái tổ hợp AND, vắc xin AND trần, vắc xin thực vật chuyển gen, vắc xin lai ghép.Loại trừ được bệnh đậu mùa và đẩy lùi được nhiều bệnh dịch: Bại liệt, sởi, tả, ho gà2. Một số thành tựu nổi bật của vi sinh y học4. Lĩnh vực khácLĩnh vực chế tạo thuốc: Tổng hợp ra nhiều loại thuốc chữa bệnh với khối lượng lớn và thuần khiết: Kháng sinh, interferonGóp phần xây dựng ngân hàng gen quốc tế (World Gen Bank)Giải mã bộ gen người mô phỏng từ giải mã gen do các tác nhân vi sinh3. Vai trò của Vi sinh lâm sàng3. Vai trò của PXN vi sinh lâm sàngChẩn đoán bệnh do vi khuẩn, virus, vi nấm, KST:Kỹ thuật chẩn đoán trực tiếp: Nuôi cấy, PCRKỹ thuật chẩn đoán gián tiếp: Miễn dịch họcĐiều trị bệnh:Phát hiện vi khuẩn, vi nấm, virus kháng thuốcTheo dõi hiệu quả điều trị: Viral loadPhòng bệnh:Phát hiện tác nhân và nguồn nhiễm trùng bệnh việnPhát hiện tác nhân gây dịch: tả, dengue, cúmGiám sát nhiễm trùng và kháng thuốcCung cấp số liệu dịch tễ học về VSV gây bệnhCung cấp số liệu về VSV kháng thuốc Cơ hội nghiên cứu: Thiết lập ngân hàng gen VSV gây bệnh 4. Đảm bảo chất lượng XN vi sinh4. Đảm bảo chất lượng XN vi sinhVai trò của các nhà lâm sàng và xét nghiệmTrước xét nghiệm: Các nhà lâm sàng lấy BPTrong xét nghiệm: Cán bộ xét nghiệm tiến hành XNSau xét nghiệm: Cán bộ xét nghiệm và các nhà lâm sàng nhận định kết quảQui định người thực hiện XN Vi sinh: Cán bộ thực hiện XN: Đã được đào tạo và có chứng chỉ về chuyên ngành Vi sinh.Cán bộ nhận định và phê duyệt kết quả: Bác sỹ hoặc cán bộ có trình độ đại học, sau đại học về chuyên ngành Vi sinh.4. Đảm bảo chất lượng XN vi sinhTỷ lệ sai sót trong tiến trình xét nghiệm: Trước xét nghiệm 46 - 68%Trong xét nghiệm 7 - 13%Sau xét nghiệm 19 - 47%Hậu quả:Ảnh hưởng tính mạng người bệnhTốn kém về kinh tếMất uy tín 5. Danh mục kỹ thuật và phân tuyến KT chuyên ngành Vi sinh y họcThống nhất Danh mục xét nghiệm theo đúng chuyên ngành Hóa sinh, Huyết học, Vi sinh - Ký sinh trùng: Ngày 12/07/2012, Bộ Y tế triệu tập cuộc họp giữa các chuyên ngành Hóa sinh, Huyết học, Vi sinh - KST: Rà sóat lại danh mục kỹ thuật hiện có đang không đúng chuyên ngành.Trao đổi, thống nhất danh mục xét nghiệm theo đúng chuyên ngành Hóa sinh, Huyết học, Vi sinh - Ký sinh trùng. 5. Danh mục kỹ thuật và phân tuyến KT chuyên ngành Vi sinh y họcDanh mục xét nghiệm Vi sinh:Đổi tên Danh mục kỹ thuật thành Danh mục xét nghiệmThống nhất Danh mục XN Vi sinh trên toàn quốc gồm 306 xét nghiệm về vi khuẩn, virus, vi nấm, ký sinh trùng. Để đảm bảo chất lượng, cán bộ thực hiện xét nghiệm Vi sinh phải được đào tạo và có chứng chỉ chuyên ngành Vi sinh, không làm ở các chuyên ngành khác.Danh mục xét nghiệm Vi sinh được Bộ Y tế phê duyệt, ban hành và sẽ được sửa đổi, bổ sung, cập nhập định kỳ theo sự phát triển của khoa học kỹ thuật. 5. Danh mục kỹ thuật và phân tuyến KT chuyên ngành Vi sinh y họcTên xét nghiệm Vi sinh:Thống nhất cách đặt tên XN Vi sinh gồm 3 phần: Phần 1: Tên vi sinh vậtPhần 2: Tên kỹ thuật tiến hànhPhần 3: Tên loại sinh phẩm sử dụng (nếu có nhiều loại sinh phẩm lưu hành). Ví dụ: HIV test nhanh; HIV miễn dịch bán tự động; HIV miễn dịch tự động; HIV đo tải lượng Real-time PCRMục tiêu:Các nhà quản lý dễ kiểm soátCác bác sỹ lâm sàng dễ chỉ địnhCán bộ XN Vi sinh dễ thực hiện.5. Danh mục kỹ thuật và phân tuyến KT chuyên ngành Vi sinh y học“Quy trình kỹ thuật chuyên ngành Vi sinh y học”Biên soạn theo Quyết định của Bộ Y tế số 1226/ QĐ - BYT, ngày 18 tháng 4 năm 2012.Gồm 210 xét nghiệm Vi sinh thông thường, tiến hành bằng các kỹ thuật soi tươi, nhuộm soi, nuôi cấy, kháng sinh đồ, miễn dịch học, sinh học phân tử để chẩn đoán vi khuẩn, virus, KST, vi nấm gây bệnh thường gặp. Giúp các nhà quản lý kiểm soát và xây dựng giá xét nghiệm; các bác sỹ điều trị dễ chỉ định xét nghiệm; các cán bộ xét nghiệm Vi sinh triển khai kỹ thuật. Được Bộ Y tế ban hành và sẽ được sửa đổi, bổ sung, cập nhập định kỳ. 5. Danh mục kỹ thuật và phân tuyến KT chuyên ngành Vi sinh y họcPhân tuyến kỹ thuật Vi sinh - Ký sinh trùng:Phân tuyến tương đối để khuyến khích các cơ sở y tế triển khai kỹ thuật. Qui định về những xét nghiệm tối thiểu hoặc bắt buộc triển khai. Qui định về đảm bảo chất lượng nếu triển khai.6. Các XN đang thực hiện tại khoa Vi sinh - BV Bạch MaiNhân lực hiện tại có 42 CBVC, 74% có trình độ Đại học:03 Phó Giáo sư và Tiến sỹ Y học; 11 Thạc sỹ và BSCKI 02 Bác sỹ 15 CB Đại học07 Kỹ thuật viên 04 y công Cơ cấu tổ chức gồm 7 bộ phận chuyên môn: Phòng Nhận và trả kết quả xét nghiệmPhòng xét nghiệm Vi khuẩn - Kháng sinh đồPhòng xét nghiệm Vi rút - Miễn dịchPhòng xét nghiệm Ký sinh trùng - NấmPhòng xét nghiệm Sinh học phân tửPhòng sản xuất môi trườngPhòng khử trùng tiệt trùng6. Các XN đang thực hiện tại khoa Vi sinh - BV Bạch MaiVi khuẩn: Định danh vi khuẩn và kháng sinh đồ bằng máy tự động. Thường xuyên hội chẩn với các khoa lâm sàng các ca bệnh do vi khuẩn kháng thuốc.Virus: Phát hiện các virus HIV, viêm gan, EBV, CMV bằng hệ thống tự động.Sinh học phân tử: HIV-RNA, HBV-DNA, HSV-DNA, HCV-RNA, Lao, Dengue, CMV, EBV Ký sinh trùng: Xét nghiệm ELISA chẩn đoán amíp, sán lá gan lớn, giun lươn, giun đũa chó, mèo...Vi nấm: Phát hiện các loại vi nấm, đặc biệt là vi nấm gây nhiễm trùng cơ hội ở người nhiễm HIV/AIDS.6. Các XN đang thực hiện tại khoa Vi sinh - BV Bạch MaiNăm 2012, XN khoảng 1.000 bệnh phẩm/ 1 ngàyThực hiện thường quy trên 90 loại xét nghiệm. Quản lý hiệu quả số liệu chuyên môn và tài chính bằng hệ thống mạng LAN.Khoa Vi sinh đã được cấp chứng chỉ công nhận đạt tiêu chuẩn ISO 15189 ngày 15 tháng 6 năm 2012.6. Các XN đang thực hiện tại khoa Vi sinh - BV Bạch MaiBệnh phẩm: Đúng qui địnhQuan sát đại thể: Cần thiếtSoi tươi: 30 phútNhuộm soi: 1-2 tiếngNuôi cấy, định danh: 48-72hKháng sinh đồ: 24h sau định danhHuyết thanh học: 1 ngàySinh học phân tử: 2 ngày6. Các kỹ thuật đang thực hiện tại khoa Vi sinh - BV Bạch MaiPhân biệt 2 loại bệnh phẩm Bệnh phẩm từ vị trí vô trùng: Máu và các cơ quan nội tạng như dịch não tủy, các chất dịchBệnh phẩm từ vị trí có vi sinh vật cư trú Bệnh phẩm từ da và niêm mạcNước tiểu giữa dòngPhânBP hô hấp trên Mủ nông Chất tiết sinh dục7. Diễn giải các kết quả XN Vi sinh7. Diễn giải các kết quả XN Vi sinhXác định bệnh nhiễm trùng Xét nghiệm Vi sinh:Phát hiện được VSV trong BP lấy từ vị trí vô trùng.Phát hiện được VSV trong BP lấy từ vị trí có vi hệ.Số lượng VSV phải nhiều, thường ≥ 105 VK/ ml Phát hiện cùng loại VSV từ các loại bệnh phẩm khác nhau.Có sự hiện diện của BCĐN. Lâm sàng:Có triệu chứng lâm sàng. Phát hiện được nguồn nhiễm, đường vào. 8. Xu hướng đề kháng kháng sinh của một số vi khuẩn gây bệnh thường gặpVi khuẩn Gram (-)Enterobacteriaceae (E. coli, K. pneumoniae, Enterobacter)Beta – lactam: Sinh ESBL (Beta-lactamase phổ mở rộng) kháng toàn bộ cephalosporin thế hệ 3, 4.Carbapenem (Imipenem, meropenem, Ertapenem): Sinh Carbapenemase NDM1A. baumannii, P. aeruginosa: Đa khángKháng mở rộngToàn kháng 8. Xu hướng đề kháng kháng sinh của một số vi khuẩn gây bệnh thường gặpKhái niệm MDR, XDR & PDRMDR (Multidrug resistant) - Đa kháng Không nhạy ≥ 1 KS trong 3 loại KS hoặc nhiều hơnVd: MRSA, vi khuẩn sinh ESBLXDR (Extensively drug resistant) - Kháng mở rộngChỉ nhạy ≤ 2 loại KS)Vd: A. baumannii chỉ nhạy với colistin PDR (Pan-drug resistant) - Toàn kháng Không nhạy với tất cả KS của tất cả các loại KSVD: A. baumannii, P. aeruginosaClinical Microbiology and Infection, Volume 18 Number 3, March 20128. Xu hướng đề kháng kháng sinh của một số vi khuẩn gây bệnh thường gặpVi khuẩn Gram (+)Staphylococcus aureusPenicillin: PRSA - S. aureus kháng Penicillin Beta-lactam: MRSA - S. aureus kháng MethicillinVancomycin:VISA: S. aureus trung gian với vancomycin hVISA: S. aureus trung gian dị chủng với vancomycin, mặc dù MIC dao động từ 1 - 4 mg/L VRSA: S. aureus kháng vancomycin EnterococciVRE: Enterococci kháng vancomycinStreptococcus pneumoniaePRSP: S. pneumoniae kháng penicillin Trân trọng cám ơn