IV. KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ
1. Kết luận
Cây phát sinh loài dựa trên gen 18S
rRNA và 28S rRNA cho thấy 5 loài ký sinh
trùng (Erilepturus hamati, Pseudometadema
celebesensis, Helicometra fasciata,
Bucephalus margaritae và Transversotrema
patialense) tìm thấy trên cá chẽm (Lates
calcarifer) được sắp xếp chung với các loài
cùng giống và cùng họ. Riêng có loài E. hamati
được xếp vào họ Cryptogonimidae thay vì Họ
Hemiuridae dựa vào gen 18S rRNA.
2. Kiến nghị
Cần tiếp tục tiến hành nghiên cứu trên các
chỉ thị gen nhân và khảo sát cụ thể hơn các
đặc điểm hình thái ở mức độ giống và họ.
8 trang |
Chia sẻ: thucuc2301 | Lượt xem: 571 | Lượt tải: 0
Bạn đang xem nội dung tài liệu Nghiên cứu mối quan hệ phát sinh loài của sán lá song chủ ký sinh trên cá chẽm (lates calcarifer bloch, 1790) nuôi tại Khánh Hòa - Nguyễn Nguyễn Thành Nhơn, để tải tài liệu về máy bạn click vào nút DOWNLOAD ở trên
Tạp chí Khoa học - Công nghệ Thủy sản Số 2/2017
TRƯỜNG ĐẠI HỌC NHA TRANG • 63
THOÂNG BAÙO KHOA HOÏC
NGHIÊN CỨU MỐI QUAN HỆ PHÁT SINH LOÀI CỦA SÁN LÁ SONG CHỦ
KÝ SINH TRÊN CÁ CHẼM (Lates calcarifer BLOCH, 1790)
NUÔI TẠI KHÁNH HÒA
THE PHYLOGENY OF TREMATODES ON CULTURED SEABASS
(Lates calcarifer BLOCH, 1790) IN KHANH HOA PROVICE
Nguyễn Nguyễn Thành Nhơn1, Đỗ Thị Hòa2, Đặng Thúy Bình3, Phạm Thị Hạnh2, Trương Thị Oanh3
Ngày nhận bài: 15/02/2017; Ngày phản biện thông qua: 14/3/2017, Ngày duyệt đăng: 15/6/2017
TÓM TẮT
Cá chẽm (Lates calcarifer) là một trong những đối tượng nuôi biển phổ biến ở khắp khu vực Châu Á
- Thái Bình Dương. Bệnh ký sinh trùng là một mối đe dọa lớn đối với nghề nuôi cá chẽm. Mối quan hệ tiến
hóa của 5 loài sán lá song chủ ký sinh trên cá chẽm được khảo sát dựa trên thuật toán Maximum Pasimony,
Maximum Likelihood và Bayesain Inference. Cây phát sinh loài cho thấy các loài sán lá song chủ được sắp xếp
chung với các loài cùng giống và cùng họ. Riêng có loài Erilepturus hamati được xếp vào họ Cryptogonimidae
dựa vào gen 18S rRNA, trong khi đó cây phát sinh loài dựa trên gen 28S rRNA cho thấy sự sắp xếp phù hợp với
các loài cùng giống thuộc họ Hemiuridae. Cần tiến hành nghiên cứu trên các chỉ thị gen ti thể, cũng như khảo
sát các đặc điểm hình thái đặc trưng cho các loài sán lá song chủ ký sinh trên cá chẽm.
Từ khóa: Sán lá song chủ, cá chẽm, Lates calcarifer, phát sinh loài, 18S rRNA, 28S rRNA
ABSTRACT
Seabass (Lates calcarifer) is one of the popular marine cultured species across Asia-Pacifi c. Parasitic
diseases are a major threat of seabass farming. Evolutionary relationships of 5 digenea species that infected
seabass were investigated based on three approaches: Maximum Pasimony, Maximum Likelihood and Bayesain
Inference. Both 18S and 28S rRNA phylogenetic trees show digenea species were clustered to species with
the same genus and family. Species Erilepturus hamati has been, however, categorized as species of family
Cryptogonimidae in the 18S rRNA, while the 28S rRNA phylogram showed the matching of this species to those
belong to family Hemiuridae. It is suggested that further research need to be conducted on the mitochondrial
DNA markers, as well as study the morphological characteristics for digenea species infected seabass.
Keywords: Digenea, seabass, Lates calcarifer, phylogeny, 18S rRNA, 28S rRNA
1 Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản III
2 Viện Nuôi trồng thủy sản, Trường Đại học Nha Trang
3 Viện Công nghệ sinh học và Môi trường, Trường Đại học Nha Trang
I. ĐẶT VẤN ĐỀ
Cá chẽm (Lastes calcarifer) là loài rộng
muối, có thể nuôi trong môi trường nước mặn,
nước ngọt, nước lợ. Với qui trình sản xuất giống
và nuôi thương phẩm cá chẽm đã hoàn thiện
nên việc phát triển nuôi loài cá này theo qui mô
công nghiệp, nhằm cung cấp thực phẩm trong
nước và phục vụ xuất khẩu là khả thi, góp phần
nâng cao GDP thủy sản nước ta. Bên cạnh
đó, việc thuần hóa cá chẽm để nuôi ở nước
ngọt có thể giúp cải thiện đời sống của người
dân ở nhiều vùng địa lý khác nhau. Tuy nhiên,
64 • TRƯỜNG ĐẠI HỌC NHA TRANG
Tạp chí Khoa học - Công nghệ Thủy sản Số 2/2017
cũng như nhiều đối tượng thủy sản khác, khi
được nuôi với qui mô công nghiệp thì vấn đề
bệnh và tác hại của bệnh trong quá trình nuôi
vẫn là một khó khăn không nhỏ cho người nuôi.
Các tác nhân gây bệnh thông thường như virus,
vi khuẩn và ký sinh trùng (KST),. Ký sinh
trùng gây bệnh ở cá chẽm nuôi có nhiều nhóm
khác nhau: động vật đơn bào-Protozoa, Sán
lá đơn chủ -Monogenea, giáp xác bậc thấp ký
sinh - Crustacae, giun tròn - Nemathelminthes
và sán lá song chủ (SLSC) - Digenea. Các ký
sinh trùng là sán lá song chủ (SLSC) ở giai
đoạn trưởng thành chủ yếu sống nội ký sinh ở
dạ dày, ruột, mạch máu, gan, thận của động
vật có xương sống như cá, động vật trên cạn,
trong đó có con người.. Nghiên cứu ký sinh
trùng trên cá chẽm được tiến hành ở qui mô
rộng trong khu vực châu Á và Úc [10], [17],
[18], [19], [25]. Khoảng 75 loài ký sinh trùng
được ghi nhận ký sinh trên loài cá này. Đối với
lớp sán lá song chủ, các nghiên cứu ghi nhận
khoảng 8 loài phổ biến thuộc 6 giống. Các loài
chủ yếu ký sinh trong ruột và dạ dày, riêng các
loài thuộc giống Transversotrema ký sinh trên
mang và da.
Nghiên cứu thành phần loài sán lá song
chủ ký sinh trên cá chẽm nuôi thương phẩm tại
Khánh Hòa ghi nhận 5 loài phổ biến bao gồm
Transversotrema patialense, Pseudometadena
celebesensis, Erilepturus hamati, Helicometra
fasciata và Bucephalus margaritae [2], [4]. Tuy
nhiên, phần lớn các nghiên cứu chỉ dừng lại ở
mức độ khảo sát thành phần loài đựa vào đặc
điểm hình thái.
Mục đích của nghiên cứu này là ứng dụng
kỹ thuật di truyền kiểm chứng phân loại hình
thái và khảo sát mối quan hệ tiến hóa của các
loài sán lá song chủ ký sinh trên cá chẽm dựa
trên gen 18S rRNA và 28S rRNA.
II. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
1. Phương pháp thu mẫu
Cá chẽm (Lates calcarifer) được thu tại
các ao, lồng bè nuôi ở ven hoặc trong các vịnh
Cam Ranh, vịnh Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa.
Cá được vận chuyển sống về phòng thí nghiệm
để tiến hành nghiên cứu.
2. Phương pháp thu ký sinh trùng
Sán lá song chủ ký sinh trên cá chẽm
(Lates calcarifer) được thu và xử lý gồm các
bước chính sau [1], [5]:
- Cá được cân trước khi đưa vào kiểm tra
KST. Nhớt da và mang cá chẽm được thu bằng
dao giải phẫu, phết mỏng trên lam và quan sát
dưới kính hiển vi ở độ phóng đại 40x đến 100x.
- Máu từ tim cá được thu bằng xilanh 1 ml,
nhỏ lên các lam sạch để soi tươi hoặc làm tiêu
bản nhuộm, quan sát dưới kính hiển. Trong
máu cá có thể bị nhiễm SLSC thuộc giống
Sanguinicola (họ Sanguinicolidae).
- Vây và xương nắp mang cá chẽm được
cắt rời cho vào hộp lồng chứa nước biển, dưới
kính hiển vi soi nổi có thể phát hiện KST.
- Mang cá được cắt rời từng lá cho vào
hộp lồng có nước biển và soi tươi. Khi phát
hiện KST, cắt các tơ mang có trùng cho vào
hộp lồng khác, tách trùng cho lên lam kính,
đậy lamen và quan sát dưới kính hiển vi với độ
phóng đại 100 - 400 lần.
- Nội quan cá được quan sát, ghi nhận
các dấu hiệu bất thường và thu thập các KST
kích thước lớn (nếu có). Kiểm tra túi mật, dùng
xiranh hút dịch mật nhỏ lên lam kính, đậy
lamen và quan sát dưới kính hiển vi. Ruột, dạ
dày được cho vào các hộp lồng riêng biệt có
chứa nước muối sinh lý và đem kiểm tra SLSC
dưới kính soi nổi. Sau đó, ống tiêu hóa của các
mẫu cá được giải phẫu để thu nhớt dạ dày và
ruột, đem kiểm tra dưới kính hiển vi để phát
hiện SLSC có kích thước nhỏ.
- Các mẫu gan, thận, não và cơ của cá
được ép mỏng bởi 2 lam kính và quan sát dưới
kính giải phẫu có độ phóng đại thấp.
- Khi phát hiện KST là sán lá song chủ ký
sinh trong các nội tạng của cá, kim giải phẫu và
ống hút nhỏ được sử dụng để tách từng cá thể
của SLSC ra khỏi cơ thể vật chủ, ngâm và rửa
SLSC trong nước muối sinh lý (0,85%). Dưới
kính hiển vi một số mẫu sán tươi được đưa
Tạp chí Khoa học - Công nghệ Thủy sản Số 2/2017
TRƯỜNG ĐẠI HỌC NHA TRANG • 65
lên lam kính để quan sát, đo đạc và vẽ lại hình
dạng, cấu tạo các cơ quan của sán. Ngoài ra,
các thông tin quan sát được ghi chép cụ thể
làm cơ sở cho việc phân loại sán bằng phương
pháp hình thái học.
3. Phân loại hình thái sán lá song chủ
Các đặc điểm chính để phân loại sán lá
song chủ: hình dạng và kích thước cơ thể sán.
Số lượng, hình dạng, kích thước, vị trí của các
giác bám và tỷ lệ về kích thước giữa 2 giác
bám miệng và bụng. Hình dạng, kích thước, vị
trí của cơ quan sinh dục (gồm buồng trứng, tinh
hoàn, noãn hoàng và các ống dẫn sinh dục)
và vị trí lỗ sinh dục. Hệ thống tiêu hóa: gồm
ruột kín hay hở, phân nhánh hay không, ngắn
hay dài so với chiều dài thân, thẳng hay gấp
khúc. Sán lá song chủ được định danh theo
các nghiên cứu của Velasquez và Yamaguti
[27][28].
4. Tách chiết DNA, nhân gen bằng kỹ thuật
PCR và giải trình tự
DNA của từng cá thể sán lá song chủ thu từ
cá chẽm được tách chiết bằng bộ kit DNeasy®
Blood & Tissue (Qiagen) theo hướng dẫn của
nhà sản xuất. Sản phẩm PCR gen 18S rRNA và
28S rRNA được khuếch đại với các đoạn mồi lần
lượt là A: 5’AMCTGGTTGATCCTGCCAG 3’;
B: 5’AGGTGAACCTGCAGATGGAC 3’ [20], và
LSU 5: 5’TAGGTCGACCCGCTGAATTTAAGCA 3’;
1500R: 5’GCTATCCTG AGGGAAACTTCG 3’ [22].
Phản ứng PCR được tiến hành với tổng thể
tích 50µl (bao gồm 9 μL khuôn DNA, 5 μL 10X
Dream Taq Buffer, 1 μL dNTP (10 mM), 1 μL
mỗi mồi (10 µM), 0,25 μl Taq DNA polymerase
(5U/µl) và 32,75 nước cất cho đủ thể tích),
phản ứng được tiến hành theo chu trình nhiệt
gồm 940C trong 3 phút; 35 chu kỳ của 940C
trong 30 giây, 480C (gen 18S), 520C (gen 28S)
trong 45 giây, 720C trong 1 phút; chu kỳ cuối
720C trong 7 phút.
Sản phẩm PCR được tiến hành phản ứng
giải trình tự theo nguyên tắc Dye – labelles
dideoxy terminator (Big Dye Terminator v.3.1,
Applied Biosystems) với các đoạn mồi tương
tự như phản ứng PCR theo chương trình
luân nhiệt như sau: 96oC trong 20 giây, 50oC
trong 20 giây, cuối cùng là 600C trong 4 phút.
Sản phẩm sau đó được phân tích bằng thiết
bị ABI Prism 3.700 DNA Analyser (Applied
Biosystems).
5. Phân tích mối quan hệ phát sinh loài
Các trình tự gen 18S rRNA và 28S rRNA
của các loài sán lá song chủ thu được trên
cá chẽm được xử lý và kết nối bằng phần
mềm Geneious R7.1 (
com) [14] và kiểm chứng bằng chương trình
BLAST (ncbi.nlm.nih.gov/Blast). Các trình
tự được dóng hàng bằng phần mềm Bioedit,
sau đó được kiểm tra, chỉnh sửa bằng mắt
thường [11].
Đối với gen 18S, trình tự của 4 loài
nghiên cứu và 7 loài từ Ngân hàng gen
(GenBank) được sử dụng, trong khi đó, 17
trình tự từ Genbank được sử dụng trong phân
tích gen 28S. Eudiplozoon nipponicum và
Demidospermus mortenthaleri lần lượt được
sử dụng làm nhóm ngoại trong các phân tích
dựa trên gen 18S rRNA và 28S rRNA.
Cây phát sinh loài được xây dựng dựa
trên 3 thuật toán Maximum Parsimony (MP),
Maximum Likelihood (ML) và Bayesian
Inference (BI) bằng các phần mềm PAUP 4.0,
Mega 5.0 và MrBayes 3.1.2 [13], [15], [26]. Đối
với thuật toán MP và ML, 1.000 độ lặp lại ngẫu
nhiên được áp dụng. Trước khi tiến hành thuật
toán ML và BI, các mô hình tiến hóa phù hợp
được kiểm tra bằng phần mềm Modeltest 3.7
[21] và MrModeltest 2.2 [21].
Đối với thuật toán BI, các mô hình thay thế
được tính toán. Chương trình được chạy trên
4 kênh với 1 triệu thế hệ, với tần suất tính toán
trên 100 thế hệ. Phân tích được lặp lại 2 lần để
xác định độ chính xác của phương pháp phân
tích (so sánh sự tương tự của các thông số
likelihood). Các cây đạt được trước khi thông
số likelihood đạt độ ổn định sẽ bị loại bỏ bằng
chức năng burnin (10,000 cây). Giá trị tin cậy
66 • TRƯỜNG ĐẠI HỌC NHA TRANG
Tạp chí Khoa học - Công nghệ Thủy sản Số 2/2017
(Posterior probability) được biểu hiện trên các
nhánh của cây tiến hóa [13].
Giá trị bootstrap (BT) được tính toán để
xác định tính chính xác của thuật toán MP với
độ lặp lại 1000. Cây đa dạng loài được hiển
thị và hiệu chỉnh bằng phần mềm TreeView
1.6.6 [23].
III. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN
1. Cây phát sinh loài dựa trên gen 18S rRNA
Sau khi so sánh và dóng hàng trình tự, 935
bp được sử dụng cho việc phân tích mối quan
hệ tiến hóa. Kết quả phân tích đối với dữ liệu
trình tự gen 18S rRNA dựa theo phương pháp
ML được trình bày ở Hình 1 với giá trị Bootstrap
của phương pháp MP, ML và PP được thể hiện
trên các nhánh.
Qua Hình 1 cho thấy các loài SLSC ký
sinh trên cá chẽm phân thành 1 nhóm với
giá trị BT và giá trị tin cậy tương đối (ML/MP/
PP=100/100/100). Bốn nhóm phụ được phát
hiện. Nhóm 1 gồm loài P. celebesensis có
quan hệ gần gũi với loài Caecincola parvulus
và Siphodera vinaledwardsii (3 loài này thuộc
họ Cryptogonimidae) và E. hamati (thuộc họ
Hemiuridae); Nhóm 2 gồm loài Helicometra
fasciata từ nghiên cứu hiện tại được sắp xếp
cùng nhánh với loài Helicometra boseli, và
nhóm này có quan hệ gần gũi với Peracreadium
idoneum, 3 loài này đều thuộc họ Opecoelidae;
Nhóm 3 gồm loài Lecithochirium caesionis và
loài Plerurus digitatus (thuộc họ Hemiuridae);
Nhóm 4 bao gồm loài Transversotrema
patialense và loài Transversotrema haasi từ
GenBank (thuộc họ Transversotrematidae).
Kết quả này cũng cho thấy kết quả phân loại
dựa trên đặc điểm hình thái khá chính xác,
các loài đều được sắp xếp với các loài cùng
giống hoặc các giống cùng một họ. Tuy nhiên,
loài Erilepturus hamati thuộc họ Hemiurida
(Nhóm 3) lại được sắp xếp với các loài thuộc
họ Cryptogonimidae (Nhóm 1).
Hình 1. Cây phát sinh loài dựa trên gen 18S rRNA theo phương pháp ML
của các loài SLSC ký sinh trên cá chẽm
Loài Ediplozoon nipponucun được sử dụng làm nhóm ngoại - outgroup. Giá trị BT và PP được biểu hiện trên các nhánh.
Hình thái ngoài và hệ thống phân loại của các loài ký sinh trùng được biểu hiện
Tạp chí Khoa học - Công nghệ Thủy sản Số 2/2017
TRƯỜNG ĐẠI HỌC NHA TRANG • 67
Blair và cộng sự nghiên cứu về mối quan
hệ phát sinh loài của các loài SLSC Digenea
thuộc trên họ (superfamily) Hemiuroidea
dựa vào đặc điểm hình thái và di truyền,
cây phát sinh loài dựa trên vùng V4 của gen
18S rRNA của các loài SLSC cho thấy sự thiếu
phù hợp về đặc điểm hình thái và di truyền (do
thiếu các đặc điểm hình thái đặc trưng), các
loài khác giống nằm trên các nhánh khác nhau.
Họ Hemiuridae thể hiện sự đồng nhất, trong
đó loài thuộc giống Erilepturus được xếp với
các loài thuộc giống Plerurus, và nhóm này
có quan hệ gần gũi với các loài thuộc giống
Lecithochirium, Hemiurus, Lechithocladium
trên cây phát sinh loài. Nhóm tác giả cũng thảo
luận về đặc điểm hình thái quan trọng để phân
loại họ Hemiuridae là túi bài tiết hình phễu
lớn có thể đưa ra ngoài hay kéo vào trong cơ
thể chưa đủ để phân biệt các giống trong họ.
Nghiên cứu hiện tại dựa vào một phần gen
18S rRNA có bao gồm vùng V4 cho thấy loài
E. hamati được xếp chung với các loài thuộc
họ Cryptogonimidae và phân tách với các loài
thuộc họ Hemiuridae (Hình 1).
Bray và cộng sự khi xây dựng cây phát sinh
loài đối với các loài thuộc họ Opecoelidae dựa
vào trình tự gen 18S cho thấy sự không phù
hợp về mặt hình thái và di truyền, ví dụ liên họ
Plariopoginae là không đồng nhất. Nhóm tác
giả đã đề xuất liên họ Helicometrinae bao gồm
giống Helicometra, Helicometrina và giống
Neohelicometra. Tác giả cũng chỉ rõ sự phân
tách của các nhóm thuộc giống khác nhau và
trong đó các loài thuộc giống Helicometra đều
có đặc điểm chung (trứng có lông tơ, đặc điểm
của tử cung) và được sắp xếp trên cùng 1
nhánh của cây phát sinh loài [7].
2. Cây phát sinh loài dựa trên gen 28S rRNA
Sau khi so sánh và dóng hàng trình tự,
1325 bp được sử dụng cho việc phân tích mối
quan hệ tiến hóa. Kết quả phân tích đối với dữ
liệu trình tự gen 28S rRNA dựa trên phương
pháp ML với giá trị BT và PP được thể hiện
trên các nhánh (Hình 2).
Qua hình 2 cho thấy, cây phát sinh loài
dựa trên gen 28S rRNA chia thành 2 nhánh
chính. Nhánh 1 lại được chia thành 4 nhóm
phụ. Nhóm 1.1 gồm loài Helicometra fasciata
từ nghiên cứu hiện tại, thể hiện sự tương đồng
cao với loài cùng giống từ Genbank, được
sắp xếp cùng với 2 loài thuộc họ Opecoelidae
(Peracreadium idoneum và Macvicaria
crassigula). Tiếp đó là nhóm 1.2 với các loài
thuộc giống Bucephalus spp (Họ Bucephalidae).
Nhóm 1.3 là loài P. celebesensis sắp xếp với
các loài cùng họ Cryptogonimidae. Cuối cùng
là nhóm 1.4 phân tách khỏi 3 nhóm gồm các
loài thuộc giống Transversotrema. Nhánh 2
bao gồm loài E. hamati nằm cùng nhánh với
loài Plerurus digatatus, và nhánh này có quan
hệ gần gũi với các loài thuộc giống Plerurus
và Lecithochinium, các loài này đều thuộc họ
Hemiuridae.
Dựa vào cây phát sinh loài của trình tự gen
28S rRNA cho thấy các loài được sắp xếp phù
hợp với hệ thống phân loại dựa vào đặc điểm
hình thái. Các loài thuộc cùng 1 giống đều nằm
trên 1 nhánh chung và có sự sắp xếp hợp lý
với các loài cùng một họ. Đặc biệt, đối với gen
28S rRNA, loài E. hamati được sắp xếp cùng
với các loài cùng họ Hemiuridae, trong khi ở
cây phát sinh loài dựa trên gen 18S rRNA,
chúng lại được sắp xếp với các loài thuộc họ
Cryptogonimidae.
68 • TRƯỜNG ĐẠI HỌC NHA TRANG
Tạp chí Khoa học - Công nghệ Thủy sản Số 2/2017
Các loài thuộc họ Transversotrematidae là
nhóm SLSC ký sinh tại các vị trí đặc trưng của
vật chủ (dưới vảy) và có cấu trúc cơ thể khác
với các loài SLSC khác. Trên cây phát sinh loài
dựa trên gen 28S rRNA, các loài thuộc giống
Transversotrema có quan hệ gần gũi với nhau và
nằm trên cùng một nhánh riêng biệt (Nhóm 1.3).
Kết quả phù hợp với kết quả nghiên cứu của
Cribb và cộng sự năm 2014 khi khảo sát mối
quan hệ tiến hóa dựa vào trình tự gen ITS2
rRNA của các loài thuộc giống Transversotrema
trên một số loài cá hồng và cá bướm tại vùng
biển nước Pháp và các trình tự trên GenBank.
Kết quả cho thấy giống này chia nhành 3 nhóm
(Clade) gồm các loài từ họ cá đối (Mullidae), cá
hồng/cá mó/cá bàng chài và nhóm cuối cùng là
loài T. polynesia và các loài còn lại [8]. Cutmore
và cộng sự cũng cho thấy mối quan hệ gần gũi
của các loài thuộc giống Transversotrema đối
với trình tự gen 28S và ITS2 khi xây dựng cây
phát sinh loài [9].
Nghiên cứu về hệ ký sinh trùng trên cá
chẽm còn nhiều hạn chế, đặc biệt các nghiên
cứu về di truyền học. Một số loài được phát
hiện trên cá chẽm chưa có trình tự trên
GenBank để so sánh (ví dụ Erilepturus hamati,
Pseudometadema celebesensis). Tuy nhiên,
phân tích cây phát sinh loài 18S rRNA và
28S rRNA cho thấy sự gần gũi với các giống
trên GenBank (Plurerus và Caesincola). Nhìn
chung, cả 2 cây phân loại đều cho thấy sự phù
hợp giữa hệ thông phân loại dựa trên hình
thái và di truyền, tuy nhiên, loài Erilepturus
hamati thể hiện sự không phù hợp giữa 2 cây
phân loại.
Hình 2. Cây phát sinh loài dựa trên gen 28S rRNA của các loài SLSC ký sinh trên cá chẽm
Dendritobilharzia pulverulenta được sử dụng làm nhóm ngoại –outgroup; Giá trị BT (MP, ML)
và PP được biểu hiện trên các nhánh.
Hình thái ngoài và hệ thống phân loại của các loài ký sinh trùng được biểu hiện.
Tạp chí Khoa học - Công nghệ Thủy sản Số 2/2017
TRƯỜNG ĐẠI HỌC NHA TRANG • 69
IV. KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ
1. Kết luận
Cây phát sinh loài dựa trên gen 18S
rRNA và 28S rRNA cho thấy 5 loài ký sinh
trùng (Erilepturus hamati, Pseudometadema
celebesensis, Helicometra fasciata,
Bucephalus margaritae và Transversotrema
patialense) tìm thấy trên cá chẽm (Lates
calcarifer) được sắp xếp chung với các loài
cùng giống và cùng họ. Riêng có loài E. hamati
được xếp vào họ Cryptogonimidae thay vì Họ
Hemiuridae dựa vào gen 18S rRNA.
2. Kiến nghị
Cần tiếp tục tiến hành nghiên cứu trên các
chỉ thị gen nhân và khảo sát cụ thể hơn các
đặc điểm hình thái ở mức độ giống và họ.
TÀI LIỆU THAM KHẢO
Tiếng Việt
1. Võ Thế Dũng, 2010. Động vật ký sinh ở cá chẽm thuộc giống Epinephelus. Luận án tiến sĩ sinh học. Viện Hải
dương học, Nha Trang.
2. Đỗ Thị Hòa, Trần Vỹ Hích, Nguyễn Thị Thùy Giang, Phan Văn Út, Nguyễn Thị Nguyệt Huệ, 2008. Các loại
bệnh thường gặp trên cá biển nuôi ở Khánh Hòa. Tạp chí Khoa học - Công nghệ Thủy sản, Trường Đại học Nha
Trang, 16-24.
3. Hà Ký và Bùi Quang Tề, 2007. Ký sinh trùng cá nước ngọt Việt Nam. NXB Khoa học và Kỹ thuật, Hà Nội.
4. Nguyễn Nguyễn Thành Nhơn, Võ Thế Dũng, Võ Thị Dung, Glenn Allan Bristow, Đỗ Thị Hòa, 2010. Một số
ký sinh trùng ở cá chẽm (Lates calcarifer Bloch, 1790) nuôi tại Khánh Hòa. Tạp chí Nông nghiệp và Phát triển
nông thôn, 6, 59-63.
5. Bùi Quang Tề, 2001. Ký sinh trùng một số loài cá nước ngọt ở đồng bằng sông Cửu Long và các giải pháp phòng
trị chúng. Luận án tiến sĩ sinh học. Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản I, Bắc Ninh.
Tiếng Anh
6. Blair, D., Bray, R. A., and Barker, S. C., 1998. Molecules and Morphology in Phylogenetic Studies of the
Hemiuroidea (Digenea: Trematoda: Platyhelminthes). Molecular Phylogenetics and Evolution, 9(1), 15-25.
7. Bray, R. A., Cribb, T. H., Littlewood, D. T., Waeschenbach A., 2016. The molecular phylogeny of the digenean
family Opecoelidae Ozaki, 1925 and the value of morphological characters, with the erection of a new subfamily.
Folia Parasitol (Praha), 63, 2-11.
8. Cribb, T. H., Adlard, R. D., Bray, R. A., Pierre Sasal, Cutmore, S, C., 2014. Biogeography of tropical
Indo-West Pacifi c parasites: A cryptic species of Transversotrema and evidence for rarity of Transversotrematidae
(Trematoda) in French Polynesia. Parasitology International, 63(2), 285-294.
9. Cutmore, S. C., Diggles, B. K. and Cribb, T. H., 2016. Transversotrema Witenberg, 1944 (Trematoda:
Transversotrematidae) from inshore fi shes of Australia: description of a new species and signifi cant range
extensions for three congeners. Systematic Parasitology, 93, 639-652.
10. Glazebrook, J. S.; Campbell, R. S. F., 1987. Diseases of barramundi (Lates calcarifer) in Australia: a review. In:
Management of wild and cultured sea bass ⁄ barramundi (Lates calcarifer). J. W. Copland and D. L. Grey (Eds).
Proc. International Workshop, Darwin, NT, Australia, 24–30 September 1986. ACIAR Proc. 20: 204–207.
11. Hall, T.A., 1999, “BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for
Windows 95/98/NT”, Nucleic Acids Symposium Series, 41, pp. 95-98.
12. Herbert, B. W., Shaharom-Harrison, F. M. & Overstreet, R. M., 1994. Description of a new blood-fl uke, Cruoricola
lates n. g., n. sp. (Digenea: Sanguinicolidae), from sea-bass Lates calcarifer (Bloch, 1790) (Centropomidae).
Syst Parasitol (1994) 29: 51. doi:10.1007/BF00009838
70 • TRƯỜNG ĐẠI HỌC NHA TRANG
Tạp chí Khoa học - Công nghệ Thủy sản Số 2/2017
13. Huelsenbeck, J.P, Ronquist F., 2001. Mrbayes: Bayesian inference of phylogenetic trees. Bioinformatics, 17,
754-755.
14. Kearse, M., Moir, R., Wilson, A., Stones-Havas, S., Cheung, M., Sturrock, S., Buxton, S., Cooper, A., Markowitz,
S., Duran, C., Thierer, T., Ashton, B., Mentjies, P., & Drummond, A., 2012. Geneious Basic: an integrated and
extendable desktop software platform for the organization and analysis of sequence data. Bioinformatics, 28(12),
1647-1649.
15. Kumar, S., Tamura, K., Jakobsen, I. B. and Nei, M., 2001. MEGA2: molecular evolutionary genetics analysis
software. Bioinformatics, 17, 1244-1245.
16. Leong, T. S., Wong, S. Y., 1986. Parasite fauna of seabass, Lates calcarifer Bloch, from Thailand and from
fl oating cage culture in Penang, Malaysia. In: First Asian fi sheries forum. J. L. Maclean, L. B. Dizon and L. V.
Hosillos (Eds). Proceedings of the First Asian Fisheries Forum, 26–31 May 1986, Manila, Philippines: 251–254.
17. Leong, T. S., Wong, S. Y., 1992a. Parasites of marine fi nfi shes cultured in ponds and cages in Indonesia.
Proceedings of the Symposium on Tropical Fish Health Management in Aquacul-ture. 14-16 May 1991, Bogor,
Indonesia. Biotrop Spec. Publ. 48, 119 - 124.
18. Leong, T. S., Wong, S. Y., 1992b. The parasite fauna of cultured seabass, Lates calcarifer Bloch from Kelantan
and Penang, Malaysia. Journal of Biosciences, 3, 27–29.
19. Littlewood, D. T. J., Rohde, K. and Clough, K.A., 1999. The interrelationships of all major groups of
Platheminthes: phylogenetic evidence from morphology and molecules. Biological Journal of The Linnean
Society, 66, 75-114.
20. Nylander, J. A., 2004. Mr Modeltest v2. Program distributed by the author. Evolutionary Biology Centre.
Uppsala University, Uppsala, Sweden.
21. Olson, P. D., Cribb, T. H., Tkachd, V. V., Bray, R. A., Littlewood, D. T. J., 2003. Phylogeny and classifi cation of
the Digenea (Platheminthes: Trematoda). International Journal for Parasitology, 33, 733–755.
22. Page, R. D., 1996. Treeview: an application to display phylogenetic trees on personal computers. Computer
Applications Biosciences,12, 357-358.
23. Posada, D., and Crandall, K. A., 1998. Modeltest: testing the model of DNA substitution.Bioinformatics, 14,
817-818.
24. Rückert, S., Palm, H. W. and Klimpel, S., 2008. Parasite fauna of seabass (Lates calcarifer) under mariculture
conditions in Lampung Bay, Indonesia. Journal of Applied Ichthyology, 24, 321–327. doi:10.1111/j.1439-
0426.2008.01064.x
25. Swofford, D. L., 2001. PAUP. Phylogenetic Analysis Using Parsimony (and Other Methods). Version 4. Sinauer
Associates, Sunderland, Massachusetts.
26. Velasquez, C. C., 1975. Some parasitic helmints of Philippine fi shes. The University of the Philippines Research
Digest, 5(1), 23-29.
27. Yamaguti, S., 1965. New digenetic trematodes from Hawaiian fi shes, Part 1. Pacifi c Science, 19(1-4), 458-481.
Các file đính kèm theo tài liệu này:
- so_02_2017_09_n_n_t_nhon_d_t_hoa_d_t_binh_p_t_hanh_t_t_oanh_6119_2024408.pdf