Bài giảng Sinh thái vi sinh vật - Chương 8: Các phương pháp nghiên cứu sinh thái vi sinh vật

9/18/2020 1 Chương 8. Các phương pháp nghiên cứu sinh thái vi sinh vật • Thu và bảo quản mẫu • Sử dụng kính hiển vi • Nuôi cấy vi sinh vật • Cây phân loại phân tử • Các phương pháp Fingerprinting • Phương pháp Metagenomics • Phương pháp Proteomics • Phương pháp sử dụng phóng xạ Thu và bảo quản mẫu • Lượng mẫu và khu vực lấy mẫu đại diện cho nơi sống và ổ sinh thái của vi sinh vật • Cần ghi chép thông tin về mẫu một cách rõ ràng và đầy đủ • Căn cứ vào từng loại mẫu mà chọn phương pháp lưu giữ phù hợp. 9/18/2020 2 Kính hiển vi Nhuộm màu Đếm trực tiếp 9/18/2020 3 Xác định vi sinh vật thông qua hoạt động hô hấp của tế bào • Nuôi cấy vi sinh vật trong môi trường có chứa chất nhuộm chẳng hạn như p- iodonitrotetrazolium (INT), hoạt động trao đổi chất của tế bào sẽ khử INT thành formazan tích tụ trong tế bào. • Nhuộm với acridine orange, formazan sẽ dễ dàng được quan sát dưới kính hiển vi đối pha. Fluorescent in situ Hybridization (FISH) 9/18/2020 4 Nuôi cấy vi sinh vật • Theo ước tính chỉ khoảng 1% tổng số loài vi sinh vật có khả năng nuôi cấy • Môi trường nuôi cấy vi sinh vật khác nhau do như cầu dinh dưỡng khác nhau, hoạt động trao đổi chất khác nhau • Sử dụng môi trường chọn lọc do một số loài vi sinh vật có khả năng sống trong điều kiện chứa chất chọn lọc, còn các loài khác thì không. Cây phân loại phân tử Các nhóm sinh vật khác nhau có các vùng bảo thủ đặc trưng khác nhau (16S rDNA, ITS,), sử dụng kỹ thuật phân tử để nhân dòng và giải trình tự, sau đó xác định độ tương đồng để dựng cây phân loại. 9/18/2020 5 Các nhóm vi sinh vật được phát hiện trong đất nhờ các phương pháp khác nhau Theo Buckley và Schmidt (2002) Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) 9/18/2020 6 Metagenomics