Nghiên cứu mối quan hệ di truyền của một số giống đậu tương Việt Nam có phản ứng khác nhau với bệnh gỉ sắt

Vũ Thanh Trà và Đtg Tạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ 85(09)/2: 11 - 16 Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 11 NGHIÊN CỨU MỐI QUAN HỆ DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ GIỐNG ĐẬU TƢƠNG VIỆT NAM CÓ PHẢN ỨNG KHÁC NHAU VỚI BỆNH GỈ SẮT Vũ Thanh Trà1, Trần Thị Phƣơng Liên2, Chu Hoàng Mậu1* 1 Đại học Thái Nguyên, 2Viện Công nghệ s inh học TÓM TẮT Trong nghiên cứu này, chúng tôi sử dụng kỹ thuật RAPD để đánh giá sự đa dạng và mối quan hệ di truyền của 50 giống đậu tƣơng (Glycine max (L.) Merrill) Việt Nam có phản ứng khác nhau với bệnh gỉ sắt làm cơ sở khoa học cho công tác chọn tạo giống. Kết quả phân tích cho thấy, với 20 mồi ngẫu nhiên sử dụng trong phản ứng RAPD để phân tích DNA hệ gen của 50 giống đậu tƣơng đã có 15 mồi biểu hiện tính đa hình với giá trị PIC dao động từ 0,27 đến 0,86 và 13 mồi cho giá trị PIC ≥ 0,5. Tổng số phân đoạn DNA đƣợc nhân bản từ hệ gen của 50 giống đậu tƣơng với cả 15 mồi là 3380, trong đó số phân đoạn DNA xuất hiện với từng mồi đối với 50 giống đậu tƣơng dao động từ 64 đến 72. Khoảng cách di truyền và biểu đồ hình cây (dendrogram) đƣợc thiết lập dựa trên hệ số tƣơng đồng di truyền và phƣơng pháp phân nhóm UPGMA, 50 giống đậu tƣơng nghiên cứu đƣợc phân bố ở các nhóm thuộc 2 nhánh trong cây phát sinh. Nhánh I chỉ có 2 giống VK2 và DT12, có khoảng cách di truyền so với 48 giống đậu tƣơng còn lại là 21%. Sự đa dạng của các giống đậu tƣơng còn đƣợc thể hiện ngay trên cùng một vùng địa lí. Từ khóa: Hệ số tương đồng di truyền, chỉ thị RAPD, Glycine max, tính đa dạng di truyền, bệnh gỉ sắt. MỞ ĐẦU* Hiện nay ở nƣớc ta cây đậu tƣơng (Glycine max (L.) Merrill) giữ vị trí quan trọng trong nền nông nghiệp và nền kinh tế quốc dân, nhƣng diện tích trồng và sản lƣợng vẫn còn rất thấp so với các nƣớc trên thế giới. So với năm 2006 diện tích trồng đậu tƣơng ở nƣớc ta trong năm 2009 đã giảm 21,05%, sản lƣợng 23,08% và đáng chú ý là năng suất đậu tƣơng trong các năm qua gần nhƣ không tăng hoặc tăng không đáng kể (năng suất đậu tƣơng năm 2009 so với năm 2006 chỉ tăng 5%). Có nhiều nguyên nhân làm hạn chế sản lƣợng và năng suất đậu tƣơng, nhƣ yếu tố giống và điều kiện canh tác, sâu và bệnh hại đậu tƣơng. Bệnh sƣơng mai, bệnh phấn trắng, bệnh gỉ sắt là những loại bệnh thƣờng xuyên xuất hiện gây ảnh hƣởng nghiêm trọng đến ngành sản xuất đậu tƣơng. Thực tiễn này đòi hỏi phải có sự đánh giá, chọn lọc các giống đậu tƣơng mới có năng suất cao, chất lƣợng tốt đồng thời có khả năng kháng đƣợc các bệnh, đặc biệt là bệnh gỉ sắt. Trong những năm gần đây, các công trình nghiên cứu về bệnh gỉ sắt đậu tƣơng đã đƣợc tiến hành ở nhiều cơ sở nghiên * Tel: 0913383289; Email: mauchdhtn@gmail.com cứu trên thế giới và ở Việt Nam (Nguyễn Thị Bình, 1990; Rosseto, 2004; Vyas và đtg, 1997; Faleiro, 2000), tuy nhiên việc nghiên cứu một cách có hệ thống về bệnh gỉ sắt và khả năng kháng bệnh này ở cây đậu tƣơng còn ít đƣợc đề cập đến. Trong bài báo này, chúng tôi trình bày kết quả nghiên cứu về tính đa dạng di truyền của các giống đậu tƣơng có khả năng kháng bệnh gỉ sắt khác nhau. Cho đến nay, việc chọn tạo giống đậu tƣơng năng suất cao và kháng bệnh tốt chủ yếu đƣợc thực hiện bằng phƣơng pháp truyền thống nhƣ dựa vào kiểu hình để đánh giá kiểu gen, vì vậy hiệu quả chọn tạo giống không cao. Việc ứng dụng chỉ thị phân tử trong nghiên cứu đánh giá phản ứng đối với bệnh gỉ sắt của các giống đậu tƣơng đã khắc phục đƣợc những thiếu sót và hạn chế của phƣơng pháp truyền thống trƣớc đây. Trong đó, kỹ thuật RAPD đƣợc sử dụng khá rộng rãi bởi sự đơn giản và ít tốn kém, nhƣng vẫn cho kết quả khá chính xác. Trên thế giới, kỹ thuật RAPD đã đƣợc sử dụng để phân tích đa dạng di truyền các loài đậu tƣơng (Haley 1993, Mondal 2007, Zheng 2001, Vijayalakshmi 2005, Mondal 2008), xác định giới tính loài C. simplicifolius (Yang et al., 2005) và một số Vũ Thanh Trà và Đtg Tạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ 85(09)/2: 11 - 16 Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 12 giống cây trồng khác (Charles, 1997; Heba, 2009; Barakat, 2009). Ở Việt Nam, Bùi Văn Thắng và đtg (2003) đã sử dụng kỹ thuật RAPD để đánh giá tính đa dạng của một số giống lạc trong tập đoàn chống chịu bệnh gỉ sắt. Pham Thi Be Tu và đtg (2003) sử dụng 20 chỉ thị RAPD đánh giá 50 mẫu giống đậu tƣơng đã ghi nhận sự đa hình ở 17 chỉ thị. Tƣơng tự, bằng 25 chỉ thị RAPD Đinh Thị Phòng và Ngô Thị Lam Giang (2008) cũng phát hiện 17 mồi biểu hiện tính đa hình, trong đó có 3 mồi cho tính đa hình cao. Trong nghiên cứu này, 20 chỉ thị RAPD đƣợc sử dụng để nghiên cứu đa dạng di truyền và thiết lập tiêu bản DNA của 50 hệ gen đậu tƣơng Việt Nam có phản ứng khác nhau đối với bệnh gỉ sắt, giúp nhận dạng giống phục vụ công tác bảo tồn và cung cấp thông tin có giá trị cho công tác chọn tạo giống đậu tƣơng. VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU Vật liệu nghiên cứu 50 giống đậu tƣơng có phản ứng khác nhau đối với bệnh gỉ sắt do Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển Đậu đỗ và Viện Di truyền Nông nghiệp thuộc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam cung cấp đƣợc sử dụng làm vật liệu nghiên cứu. Danh sách các giống tham gia thí nghiệm đƣợc chia thành 3 nhóm: (1) Nhóm mẫn cảm với bệnh gỉ sắt bao gồm 25 giống: DT12, VX92, VX93, V74, V79, DH4, CV, CV1, ĐK, CBĐ, CB7, QHCB, LVG, TTHT, DBBT, DTBT, MT2, HG1, HTĐT, MD, DL, MH, ND, CLGL, HN. (2) Nhóm trung gian bao gồm 12 giống: M103, DT96, PHCB, PS, PT, NS, MT1, HG2, VK2, CT2, VK3, CT1. (3) Nhóm kháng bệnh bao gồm 13 giống: Rpp1, Rpp2, Rpp3, Rpp4, DT2000, CBU8325, DT95, MTD65, CNB, PMTQ, HSP2, HSPHG, ZG Phƣơng pháp nghiên cứu Tách chiết DNA tổng số từ mầm của các giống đậu tƣơng nghiên cứu theo phƣơng pháp CTAB của Doyle và Doyle (1987) có cải tiến. Kiểm tra độ sạch và hàm lƣợng DNA bằng đo quang phổ hấp thụ kết hợp với điện di trên gel agarose 0,8%. Phản ứng RAPD đƣợc thực hiện với 20 mồi ngẫu nhiên (Bảng 1). Một phản ứng PCR có thể tích 25 l bao gồm: 1X dịch đệm PCR; 2,5 mM MgCl2; 2 mM dNTPs; 200 nM đoạn mồi; 0,125 đơn vị Tag polymerase và 10 ng DNA khuôn. Phản ứng PCR- RAPD thực hiện trong máy PCR- Thermal Cycler PTC 100 theo chu kỳ nhiệt: 940C/ 3 phút; (920C/ 1 phút; 35 0 C/ 1 phút; 72 0C/ 1phút) 45 chu kỳ; 72 0C/ 10 phút; lƣu giữ ở 40C. Phân tích số liệu Phân tích số liệu theo quy ƣớc: 1= phân đoạn DNA xuất hiện và 0 = phân đoạn DNA không xuất hiện, khi điện di sản phẩm RAPD với các mồi ngẫu nhiên. Xác định hệ số tƣơng đồng di truyền theo phƣơng pháp của Nei và Li (1979). Lập biểu đồ hình cây trong chƣơng trình NTSYSpc 2.0. Hàm lƣợng thông tin đa hình (Polymorphism information content = PIC) của mồi đƣợc xác định theo công thức PIC = 1- fi2, trong đó fi là tần số của allen thứ i của kiểu gen đƣợc kiểm tra. Phạm vi giá trị PIC từ 0 (không đa hình) tới 1 (đa hình hoàn toàn). Bảng 1. Trình tự nucleotide của 20 mồi RAPD sử dụng trong nghiên cứu TT Mồi Trình tự nucleotide (5’-3’) TT Mồi Trình tự nucleotide (5’-3’) 1 M1 AACCGACGGG 11 M11 CGGCCCACGT 2 M2 GGGGGTCGTT 12 M12 AACGCGTAGA 3 M3 TACCACCCCG 13 M13 GCCACGGAGA 4 M4 GGCGGACTGT 14 M14 TAGGCGAACG 5 M5 TCGGCGATAG 15 M15 CACGGCTGCG 6 M6 GTGTCTCAGG 16 M16 GTATGGGGCT 7 M7 CAGCACCCAC 17 M17 GCGAACCTCG 8 M8 GGAAGTCGCC 18 M19 CCTGCTCATC 9 M9 CCTCCAGTGT 19 M20 GACAGGAGGT Vũ Thanh Trà và Đtg Tạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ 85(09)/2: 11 - 16 Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 13 10 M10 CTATGCCGAC 20 TRA4 CACCGTAGCG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN Kết quả nhân bản và tần số xuất hiện các phân đoạn DNA Sản phẩm RAPD với các mồi khác nhau đƣợc điện di trên gel agarose 1,8% để phân tích sự đa hình DNA của 50 giống đậu tƣơng có phản ứng khác nhau với bệnh gỉ sắt (Hình 1). Kết quả là 15 trong tổng số 20 mồi biểu hiện tính đa hình. Số lƣợng các phân đoạn DNA nhân bản với mỗi mồi dao động từ 2-10 phân đoạn. Kích thƣớc các phân đoạn DNA đƣợc nhân bản trong khoảng từ 250 bp – 2000 bp. Số phân đoạn DNA nhân bản đƣợc của 50 giống đậu tƣơng với 15 mồi RAPD là 3380. Số phân đoạn DNA đƣợc nhân bản với mỗi mồi ngẫu nhiên dao động từ 64-72 phân đoạn, trong đó mồi M14 có số phân đoạn DNA nhân bản là nhiều nhất (335 phân đoạn DNA) và ít nhất là mồi M8 (9 phân đoạn). Kết quả ở bảng 2 chỉ ra, tổng số phân đoạn DNA trong phạm vi phân tích của 50 giống đậu tƣơng khi phân tích 20 mồi ngẫu nhiên là 113 phân đoạn. Trong đó có 73 phân đoạn là đa hình (chiếm 64,6%) và không đa hình là 40 phân đoạn (chiếm 35,4%). Bảy mồi (M2, M3, M4, M9, M10, M13 và M18) có tính đa hình hoàn toàn (100%) và năm mồi (M5, M8, M12, M16 và M17) không cho tính đa hình (0%). Trong đó có 14/20 mồi có số phân đoạn đa hình trên 50%, mồi M14 có số phân đoạn đa hình bằng 50%. Kết quả này cũng phù hợp khi phân tích hàm lƣợng thông tin đa hình thể hiện ở giá trị PIC. Cụ thể, giá trị PIC của mồi M14 là 0,27 (tỷ lệ đa hình là 50%) và giá trị PIC của mồi M4 là 0,86 (đa hình cao nhất). Trong đó 13/20 mồi cho giá trị PIC ≥ 0,5. Kết quả này một lần nữa đã khẳng định sự đa hình DNA của 50 giống đậu tƣơng. Tính đa hình thể hiện ở sự xuất hiện hay không xuất hiện phân đoạn DNA khi so sánh giữa các giống khi phân tích với mỗi mồi RAPD. Chẳng hạn tại vị trí khoảng 0,25 - 0,5 kb tại giếng 3 (Rpp3), và 30 (DH4) đã xuất hiện phân đoạn DNA mới khi phân tích với mồi số 14, hay tại vị trí khoảng 1,5 kb giếng 6 (CBU8325), 7 (DT95), 16 (PHCB), 42 (MT2), 43 (MH) và 44 (DL) phân đoạn DNA không xuất hiện khi phân tích với mồi TRA4 (Hình 2). Hình 1. Hình ảnh điện di sản phẩm RAPD với mồi M19 1 KB 750 KB 500 KB 1 KB 750 KB 500 KB M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 M M 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 M 1 KB 750 KB 500 KB Vũ Thanh Trà và Đtg Tạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ 85(09)/2: 11 - 16 Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 14 (M: Thang chuẩn DNA kích thước 1 kb; 1-50: thứ tự tương ứng với tên của 50 giống đậu tương) Hình 2. Hình ảnh điện di sản phẩm RAPD với mồi M14 (M: Thang chuẩn DNA kích thước 1 kb; 1-50: thứ tự tương ứng với tên của 50 giống đậu tương) Bảng 2. Tỉ lệ phân đoạn đa hình và giá trị PIC của các mẫu nghiên cứu STT Mồi PIC Tổng số phân đoạn % phân đoạn đa hình STT Mồi PIC Tổng số phân đoạn % phân đoạn đa hình 1 M1 0,74 6 83,3 11 M11 0,80 6 83,3 2 M2 0,76 5 100 12 M12 0 3 0 3 M3 0,67 6 100 13 M13 0,80 5 100 4 M4 0,86 4 100 14 M14 0,27 8 50 5 M5 0 2 0 15 M15 0,35 6 83,3 6 M6 0,85 8 37,5 16 M16 0 4 0 7 M7 0,79 7 85,7 17 M17 0 3 0 8 M8 0 4 0 18 M18 0,50 4 100 9 M9 0,84 10 100 19 M19 0,77 8 87,5 10 M10 0,75 4 100 20 TRA4 0,82 10 80 Tổng 113 64,6 Mối quan hệ di truyền của 50 giống đậu tƣơng có phản ứng khác nhau với bệnh gỉ sắt dựa trên phân tích RAPD Để có bức tranh tổng quát về quan hệ giữa các giống đậu tƣơng nghiên cứu ở mức độ phân tử, sự đa dạng di truyền thể hiện trên sơ đồ hình cây của 50 giống đậu tƣơng (Hình 2). Hình 2 cho thấy 50 giống đậu tƣơng phân bố làm 2 nhánh (nhánh I và nhánh II), có 2 giống DT95 và HSPHG giống nhau 100%. Hệ số tƣơng đồng di truyền của 50 giống đậu tƣơng dao động từ 0,79 đến 1. Nhánh I chỉ có 2 giống VK2 và DT12, có khoảng cách di truyền so với 48 giống còn lại là 21% (1 - 0,79). Nhánh II gồm 48 giống đậu tƣơng còn lại có khoảng cách di truyền dao động từ 0% đến 15%. Trong M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 M 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 M 1 KB 750 KB 500 KB 1 KB 750 KB 500 KB 1 KB 750 KB 500 KB Vũ Thanh Trà và Đtg Tạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ 85(09)/2: 11 - 16 Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 15 nhánh II có hai giống DT95 và HSPHG cùng nằm trong nhóm phụ và có mức độ tƣơng đồng di truyền cao nhất (100%). Điều đáng quan tâm ở đây là hầu hết các giống có cùng nơi thu mẫu lập thành một nhóm nhỏ trên cây phân loại. Điển hình 4 mẫu Rpp1, Rpp2, Rpp3 và Rpp4 có nguồn gốc từ Mỹ lập thành một nhóm phụ. KẾT LUẬN Sử dụng phản ứng RAPD với 20 mồi ngẫu nhiên để phân tích DNA genome của 50 giống đậu tƣơng kết quả có 15 mồi biểu hiện tính đa hình với giá trị PIC dao động từ 0,27 (mồi M14) đến 0,86 (mồi M4), trong đó 13 mồi cho giá trị PIC ≥ 0,5. Khoảng cách di truyền và biểu đồ hình cây (dendrogram) đƣợc thiết lập dựa trên hệ số tƣơng đồng di truyền và phƣơng pháp phân nhóm UPGMA, 50 giống đậu tƣơng nghiên cứu đƣợc phân bố ở các nhóm thuộc 2 nhánh trong cây phát sinh. Nhánh I chỉ có 2 giống VK2 và DT12, có khoảng cách di truyền so với 48 giống còn lại khoảng 21%. Sự đa dạng của các giống đậu tƣơng còn đƣợc thể hiện ngay trên cùng một vùng địa lí. Hình 2. Sơ đồ hình cây của 50 giống đậu tƣơng dựa trên hệ số tƣơng đồng di truyền và kiểu phân nhóm UPGMA Vũ Thanh Trà và Đtg Tạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ 85(09)/2: 11 - 16 Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 16 TÀI LIỆU THAM KHẢO [1]. Badigannavar AnandM, Barakat, M. N.; Milad, S. I.; El- Shafei, A. M.; Khatab, S. A. (2009) Genetic analysis and identification of RAPD markers linked to Northern corn leaf blight disease resistance in a white maize population. Journal of King Abdulaziz University – Meteorology, Environment and Arid Land Agriculture Sciences 20(1): 45-61. [3]. Nguyễn Thị Bình (1990) Nghiên cứu và đánh giá khả năng chống chịu bệnh gỉ sắt (Phakopsora pachyrhizi sydow) của tập đoàn đậu tương Miền Bắc Việt Nam. Luận án Tiến sĩ Sinh học, Hà Nội. [4]. Charles OA, Philippe L, Pierre T, Marie CC, André C (1997) Identification of RAPD markers for resistance to coffee berry disease, Colletotrìchuin kahawae, in arabica coffee. Euphytica. 91: 241-248. [5]. Doyle JJ, Doyle JL (1987) A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochem Bull 19:11-15. [6]. Faleiro, F. G.; Vinhadelli, W. S.; Ragagnin, V. A.; Corrêa, R. X.; Moreira, M. A.; Barros, E. G. de (2000) RAPD markers linked to a block of genes conferring rust resistance to the common bean. Genetics and Molecular Biology 23(2): 399-402 [7]. Haley SD, Miklas PN, Stavely JR, Byrum J, Kelly JD (1993) Identification of RAPD markers linked to a major rust resistance gene block in common bean. Theor. Appl. Genet. 86:505-512. [8]. Heba AAM, Hamdy AM, Mohamed KE, Zakia MA, Mohei ED (2009) SollimanSex Determination of Jojoba Using RAPD Markers and Sry Gene Primer Combined with RAPD Primers. Research Journal of Cell and Molecular Biology, 3(2): 102-112. [9]. Mondal S, Badigannavar AM, Murty GSS (2007) RAPD markers linked to a rust resistance gene in cultivated groundnut (Arachis hypogaea L.). Euphytica 159(1–2): 233- 239. [10]. Mondal Suvendu, Murty GSS (2008) RAPD markers linked to a rust resistance gene in cultivated groundnut (Arachis hypogaea L.) Euphytica; Netherlands Journal of Plant Breeding. 159(1-2):233-239. [12]. Nei M and Li WH (1979) Mathematical model for studying genetic variation in terms of restriction end nucleases. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 76. 5269-5273. [13]. Pham Thi Be Tu, Nguyen Thi Lang and Bui Chi Buu (2003). Soybean genetic diversity analysis. Omono Rice 11:138-142. [14]. Đinh Thị Phòng, Ngô Thị Lam Giang (2008). Phân tích mối quan hệ di truyền của 19 giống đậu tƣơng bằng chỉ thị RAPD. Tạp chí Công nghệ sinh học 6: 327-334. [15]. Rosseto JA & BD (2004) Evaluation of fungicides for control of soybean rust of soyean Itaberá, Sau Paulo, Brazil. Olson Dow AgroSciences LLC 9330 Zionsville Rd. Indianapolis, IN 46268. [16]. Bùi Văn Thắng, Trần Văn Dƣơng, Đinh Thị Phòng, Nguyễn Văn Thắng, Lê Thị Muội, Lê Trần Bình (2003) Đánh giá tính đa dạng của một số giống lạc trong tập đoàn chống chịu bệnh gỉ sắt bằng kỹ thuật RAPD. Báo cáo khoa học, Hội nghị Công nghệ sinh học Toàn Quốc, Hà Nội, 805-809. [17]. Vijayalakshmi S, Yadav Kusum, Kushwaha Chanda, Sarode S B, Srivastava CP, Chand Ramesh and Singh B D (2005) Identification of RAPD markers linked to the rust (Uromyces fabae) resistance gene in pea (Pisum sativum). Euphytica. 144(3), 265-274. [18]. Vyas SC, Rajasekaran G & Geetha M (1997) Soybean rust. SOPA Digest, 5: 33-41. [19]. Yang H., Gan S.M., Yin G.T. and Xu H.C., (2005). Identification of Random Amplified Polymorphic DNA 17. Markers Linked to Sex Determination in Calamus simplicifolius C. F. Wei. Integrative Plant Biology (47): 1249 – 1253. [20]. Zheng CM.; Chang RZ.; Qiu LJ. (2001). Inheritance of resistance to SMV3 and identification of RAPD marker linked to the resistance gene in soybean. Agricultural Sciences in China 34(1):14-18. SUMMARY STUDY THE GENETIC RELATIONSHIP OF SOME VIETNAMESE SOYBEAN CULTIVARS HAVING DIFFERENT RESPONSES TO RUST Vu Thanh Tra1, Tran Thi Phuong Lien2, Chu Hoang Mau1* 1Thai Nguyen University, 2 Institute of Biotechnology In this study, we used the RAPD technique to assess the diversity and genetic relationship of 50 Vietnamese soybean cultivars (Glycine max (L.) Merrill) having different responses to rust. Analysis results showed that, with 20 random primers used in RAPD reactions to analyze the genomic DNA of 50 soybean cultivars, in which we have 15 primers polymorphic expression and polymorphic information content (PIC) of the primers from 0.27 to 0.86 and 13 primers for PIC values ≥ 0.5. The total number of DNA fragments amplified with 15 primers from genome of 50 soybean cultivars was 3,380, in which segments of DNA appearing with each primer for 50 soybean cultivars were from 64 to 72. Genetic distance and dendrogram were established based on genetic similarity coefficient and UPGMA clustering method and 50 soybean cultivars were distributed in two groups. The first group that only consisted of two varieties VK2 and DT12 had 21 % of genetic distance with the remaining 48 soybean cultivars of the second group. The variety of soybean was also shown on the same geographical area. Key words: Coefficient of genetic similarity, genetic diversity, Glycine max, RAPD markers, rust. * Tel: 0913383289; Email: mauchdhtn@gmail.com