Đánh giá sự đa dạng di truyền ở một số dòng chè Shan (Camellia sinensis var: Assamica (mast.) pierre sec. Phamh) bằng kỹ thuật RADP

RAPD (Random Amplified Polymorphism DNA) is a means of molecular biology, used to evaluate DNA genome polymorphism of organisms. This research, we were used RAPD to evaluate the genetic polymorphism of 10 tea lines received from Cho Moi district – Bac Kan provice and Dong Hy district – Thai Nguyen provice. Tea leaves were collected and preserved in freezer or immediately used for isolating DNA. DNA was isolated by employing a protocol with washing buffer. Obtained DNA products with good quality, not smear, not change color from white to yellow in preservation process indicated, they were clean of polyphenol substances. Genetic diversity of 10 tea lines was investigated by RAPD using 8 random primers, each with 10 nucleotide in length. They are: RA31, RA32, RA36, RA40, RA45, RA46, RA142, RA159. Seventy seven of random DNA fragments were amplified in all 10 samples and 100 % were polymorphic. The bands are about from 0.2kb to 3.0kb in length. The data was processed on the NTSYSpc version 2.0 sofware programme, with number one for presence or number zero for not presence of DNA band, respectively. The physogenetic tree was divided into two the main groups. The first group include only YH01 clone. Its genetic coefficient when compares with others is 0.47. The seconds group include nine remain clones. In those, the highest genetic coefficient when compares lines BV02 with BV21 is 0.8023.

pdf6 trang | Chia sẻ: yendt2356 | Lượt xem: 354 | Lượt tải: 0download
Bạn đang xem nội dung tài liệu Đánh giá sự đa dạng di truyền ở một số dòng chè Shan (Camellia sinensis var: Assamica (mast.) pierre sec. Phamh) bằng kỹ thuật RADP, để tải tài liệu về máy bạn click vào nút DOWNLOAD ở trên
Nguyễn Thị Thu Hƣơng và cs Tạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ 65(03): 149 - 154 149 Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên ĐÁNH GIÁ SỰ ĐA DẠNG DI TRUYỀN Ở MỘT SỐ DÒNG CHÈ SHAN (CAMELLIA SINENSIS VAR: ASSAMICA (MAST.) PIERRE SEC. PHAMH) BẰNG KỸ THUẬT RAPD Nguyễn Thị Thu Hương1, Nguyễn Thị Thu Phương1, Hoàng Văn Chung2, Hoàng Thị Thu Yến1 1Trường Đại học Khoa học, ĐH Thái Nguyên 2Trường Đại học Nông Lâm, ĐH Thái Nguyên TÓM TẮT RAPD (Random Amplified Polymorphism DNA) là một kỹ thuật sinh học phân tử đƣợc sử dụng khá hiệu quả trong việc đánh giá tính đa hình DNA genome của sinh vật. Trong nghiên cứu này, chúng tôi đã sử dụng RAPD để đánh giá tính đa dạng di truyền của một số dòng chè thu thập tại huyện Chợ Mới - Bắc Kạn và huyện Đồng Hỷ - Thái Nguyên. Lá chè đƣợc thu về và bảo quản trong tủ lạnh sâu hoặc tiến hành tách chiết ngay DNA. DNA đƣợc tách chiết theo phƣơng pháp sử dụng đệm rửa. Sản phẩm DNA có chất lƣợng tốt, không bị đứt gãy, không bị đổi màu trong quá trình bảo quản, chứng tỏ đã loại sạch các hợp chất polyphenol trong lá chè. Phản ứng RAPD đƣợc tiến hành với 8 mồi ngẫu nhiên có độ dài 10 nucleotide. Đó là các mồi: RA31, RA32, RA36, RA40, RA45, RA46, RA142, RA159. Có 77 phân đoạn DNA ngẫu nhiên đƣợc nhân bản, trong đó 100% số phân đoạn đều đa hình. Các phân đoạn có chiều dài ƣớc tính từ 0,2 kb đến 3,0 kb. Số liệu đƣợc xử lý trên chƣơng trình phần mềm NTSYSpc version 2.0, với qui ƣớc số 1 - xuất hiện phân đoạn DNA, số 0 – không xuất hiện phân đoạn DNA. Sơ đồ hình cây đƣợc chia làm 2 nhóm. Nhóm 1 chỉ có dòng YH01, có hệ số sai khác so với các dòng còn lại là 0,47. Nhóm 2 gồm 9 dòng còn lại trong đó dòng BV02 và BV21 có quan hệ gần gũi nhất với hệ số di truyền là 0,8023. Từ khóa : Cây chè đa hình, đồng dạng di truyền, RAPD, chè shan * MỞ ĐẦU Chè là cây công nghiệp dài ngày, có nguồn gốc nhiệt đới và Á nhiệt đới. Cây chè sinh trƣởng, phát triển tốt trong điều kiện nóng và ẩm. Tuy nhiên, nhờ sự phát triển của khoa học kỹ thuật, cây chè đã đƣợc trồng ở những nơi khá xa so với nguyên sản của nó. Chè có giá trị kinh tế, giá trị dinh dƣỡng và giá trị văn hoá cao. Qua thời gian, hiện nay chè trở thành thức uống đƣợc nhiều ngƣời ƣa chuộng, mang lại lợi ích cho con ngƣời nhiều nhất so với nhiều loại đồ uống hiện nay. Uống chè chống đƣợc lạnh, khắc phục đƣợc sự mệt mỏi của cơ bắp và hệ thần kinh trung ƣơng. Hơn nữa, chè chữa đƣợc một số bệnh đƣờng ruột nhƣ kiết lị, tiêu chảy (tannin), lợi tiểu (theofilin, theobromin), kích thích tiêu hoá mỡ, chống béo phì, chống sâu răng, hôi miệng, phòng ngừa ung thƣ, phòng ngừa bệnh tăng huyết áp, tiểu đƣờng và ngăn ngừa Tel: 0912. 896. 298, Email:yenhoangthithu@gmail.com cholesteron tăng cao, chống phóng xạ. Trong chè còn chứa nhiều loại vitamin nhƣ C, B2, PP, K, E, F, v.v và những axit amin cần thiết cho cơ thể (Lê Tất Khƣơng và nnk). Cây chè còn đóng góp không nhỏ vào việc tăng thu nhập cho nền kinh tế quốc dân. Trên thế giới đã có nhiều nghiên cứu đa dạng chè ở mức độ phân tử (Francis et al., 1997; Jeffrey et al., 1998; Esslman et al., 2000; Li et al., 2005; Tang et al., 2006). Tuy nhiên, ở Việt Nam, nhiều công trình nghiên cứu về cây chè chủ yếu đi sâu nghiên cứu đặc tính hoá sinh, đặc điểm hình thái, giải phẫu lá, thân, đặc điểm sinh trƣởng, phát triển, năng suất, chất lƣợng chè. Việc ứng dụng các kĩ thuật sinh học phân tử vào việc đánh giá hệ gen của cây chè trong chọn tạo giống cây trồng còn là vấn đề mới mẻ. Hơn nữa, số lƣợng loài trong chi Camellia khá lớn (khoảng trên 300 loài). Do đó việc phân loại chi Camellia dựa trên các phƣơng pháp phân loại cổ điển nhƣ: phƣơng pháp giải phẫu so sánh, phƣơng pháp hình thái so sánh, có thể gặp phải những khó Nguyễn Thị Thu Hƣơng và cs Tạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ 65(03): 149 - 154 150 Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên khăn nhất định, cần sự hỗ trợ của các phƣơng pháp phân loại bằng các chỉ thị phân tử. Xuất phát từ tình hình nghiên cứu đó và để góp phần nghiên cứu tính đa dạng của chè Việt Nam, chúng tôi tiến hành đề tài “nghiên cứu đa dạng di truyền ở một số dòng chè Shan (Camellia sinensis var. assamica (Mast.) Pierre sec. Phamh.) bằng kỹ thuật RAPD”. NGUYÊN LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP Nguyên liệu Sử dụng lá của một số dòng chè thuộc thứ chè Shan đƣợc thu thập tại 3 xã Bình Văn, Yên Cƣ và Yên Hân thuộc huyện Chợ Mới - Bắc Kạn và huyện Đồng Hỷ - Thái Nguyên, bao gồm các dòng chè sau: CBP150, 777, 295, BV02, BV19, BV21, YC03, YH01, YH05, YH06 do ThS. Hoàng Văn Chung – Khoa Nông học- Trƣờng Đại học Nông lâm Thái Nguyên chọn tạo cung cấp. Phương pháp Tách chiết DNA tổng số DNA tổng số đƣợc tách chiết từ lá chè theo phƣơng pháp của Samuel và Sun (1994) và Agwanda et al (1997) có cải tiến. Nghiền 0,8 g lá với nitơ lỏng đến khi thành dạng bột mịn. Bổ sung 6 ml đệm rửa (100 mM Tris-HCl pH 8,0; 5 mM EDTA pH 8,0; 0,4% NaH2PO4; 350 mM sorbitol). Li tâm 12.000 vòng/phút, trong 15 phút, 4 0 C, thu cặn. Thêm vào mẫu 4 ml dung dịch đệm chiết gồm các thành phần: 100 mM Tris-HCl pH 8,0; 20 mM EDTA pH 8,0; 4% CTAB; 1,4 M NaCl. Ủ mẫu ở 650C trong 1,5 - 3 giờ. Ly tâm 12.000 vòng/phút, trong 15 phút, 4 0 C. Chiết 2 lần bằng Chloroform: Isoamyl (24 : 1), kết tủa DNA bằng cồn tuyệt đối và CH3COONa 1 M pH 5,2, làm khô và hòa DNA trong nƣớc khử ion. Sau đó, sản phẩm tách chiết DNA tổng số đƣợc loại RNA bằng Rnase. Phân tích tính đa hình DNA genome các mẫu chè bằng kỹ thuật RAPD Sử dụng 8 mồi ngẫu nhiên có chiều dài 10 nucleotide đƣợc thiết kế theo trình tự đã đƣợc công bố (Nguyễn Minh Hùng và cs., 2004), để phân tích đa dạng di truyền của 10 dòng chè. Bảng 1: Trình tự 8 mồi ngẫu nhiên Mồi Trình tự 5’- 3’ Mồi Trình tự 5’- 3’ RA31 AACCGACGGG RA45 TACCACCCCG RA32 TGCCCTGCCT RA46 CCAGACCCTG RA36 GGGGGTCGTT RA142 CAATCGCCGT RA40 GGCGGACTGT RA159 GTCCACACGG Phản ứng RAPD Phƣơng pháp này đƣợc thực hiện theo mô tả của Foolad et al (1995) và có cải tiến. Phản ứng đƣợc thực hiện trong 20 l thể tích với các thành phần: 11,8 l nƣớc khử ion, 2 l dNTP (10 mM), 2 l Taq buffer (10 X), 2 l MgCl2 (25mM), 1 l primer (20 mM), 0.2 l Taq DNA polymerase (5 u/l), 1 l DNA mẫu (10 ng/l). Chu trình nhiệt của phản ứng RAPD là: 94 0 C trong 3 phút, (92 0 C trong 30 giây, 36 0 C trong 45 giây, 72 0 C trong 1 phút) lặp lại 45 chu kỳ, 720C trong 10 phút và lƣu giữ ở 40C. Sản phẩm RAPD đƣợc bảo quản ở 4 oC. Sau đó đƣợc kiểm tra bằng điện di trên gel agarose 1,5%. Hình ảnh đƣợc ghi lại nhờ máy Gel Doc (Pharmacia Amersham Biotech). Phân tích số liệu Dựa vào hình ảnh điện di sản phẩm RAPD, sự xuất hiện các băng điện di đƣợc ƣớc lƣợng kích thƣớc dựa vào marker chuẩn và thống kê các băng điện di với từng mồi ở từng mẫu nghiên cứu. Sự xuất hiện hay không xuất hiện các băng điện di đƣợc tập hợp để phân tích số liệu theo nguyên tắc: số 1- xuất hiện phân đoạn DNA và số 0 – không xuất hiện phân đoạn DNA. Các số liệu này đƣợc xử lý trên máy tính theo chƣơng trình NTSYSpc version pc 2.0 (Applied Biostatistics Inc., USA., 1998) để xác định quan hệ di truyền của các dòng chè. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN Kết quả tách chiết DNA tổng số Nồng độ và độ tinh sạch của DNA đƣợc kiểm tra bằng điện di trên gel agarose 0,8% và máy đo quang phổ. Kết quả tách chiết DNA đƣợc trình bày trên hình 1 cho thấy DNA có chất lƣợng tốt, ít bị đứt gãy đạt tiêu chuẩn cho các nghiên cứu tiếp theo. Nguyễn Thị Thu Hƣơng và cs Tạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ 65(03): 149 - 154 151 Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên Hình 1. Điện di đồ DNA tổng số trên gel agarose 0,8% của các dòng chè nghiên cứu: 1-Dòng CBP150, 2-Dòng 777, 3-Dòng 295, 4-Dòng BV02, 5-Dòng BV19, 6-Dòng BV21, 7-Dòng YC03, 8- Dòng YH01, 9-Dòng YH06, 10-Dòng YH05 Phân tích đa hình DNA bằng kỹ thuật RAPD Các mồi ngẫu nhiên đƣợc sử dụng trong nghiên cứu này là 8 mồi: RA31, RA32, RA36, RA40, RA45, RA46, RA142 và RA159. Phân tích kết quả điện di sản phẩm RAPD của 8 mồi ngẫu nhiên với 10 dòng chè nghiên cứu thu đƣợc 77 phân đoạn DNA đƣợc nhân bản ngẫu nhiên trong đó 100% số phân đoạn đều thể hiện tính đa hình. Kết quả phân tích RAPD ở hai mồi đặc trƣng nhất đƣợc thể hiện trên hình 2 và hình 3. Mồi RA36 Hình 2. Điện di đồ sản phẩm PCR với mồi RA36 của các dòng chè nghiên cứu: M-Marker 1kb, 1- Dòng CBP150, 2-Dòng 777, 3-Dòng 295, 4-Dòng BV02, 5-Dòng BV19, 6-Dòng BV21, 7-Dòng YC03, 8-Dòng YH01, 9-Dòng YH06, 10-Dòng YH05 Kết quả phân tích sản phẩm điện di của mồi RA36 cho thấy có từ 1 – 6 phân đoạn đƣợc nhân bản. Kích thƣớc các phân đoạn ƣớc tính dao động từ 0,25 kb đến 1 kb. Trong đó dòng 295 và BV21 là 2 dòng có số phân đoạn DNA đƣợc nhân bản nhiều nhất là 6 phân đoạn, dòng YH01 và YH06 chỉ có 1 phân đoạn duy nhất đƣợc nhân bản. Tính đa hình thể hiện ở sự xuất hiện hay không xuất hiện các phân đoạn DNA nhân bản khi so sánh các dòng với nhau. Trong 10 mẫu chè nghiên cứu ta thấy ở kích thƣớc 0,67 kb, 0,60 kb, 0,55 kb, 0,30kb phân đoạn DNA chỉ thấy xuất hiện ở một dòng duy nhất, còn các dòng khác không thấy xuất hiện. Ở kích thƣớc 0,78 kb và 0,65 kb có 2 dòng mất phân đoạn. Kết quả cho thấy rõ ràng có sự khác nhau giữa các dòng chè nghiên cứu. Mồi RA40 Hình 3. Điện di đồ sản phẩm PCR với mồi RA40 của các dòng chè nghiên cứu: M-Marker 1kb, 1- Dòng CBP150, 2-Dòng 777, 3-Dòng 295, 4-Dòng BV02, 5-Dòng BV19, 6-Dòng BV21, 7-Dòng YC03, 8-Dòng YH01, 9-Dòng YH06, 10-Dòng YH05 Kết quả cho thấy có từ 1 – 9 phân đoạn DNA đƣợc nhân bản ở các dòng khác nhau, kích thƣớc các phân đoạn ƣớc tính dao động từ 0,2 kb đến 1,5 kb. Trong đó, ở các kích thƣớc 1,1 kb, 0,6 kb, 0,4 kb, 0,32 kb, 0,30 kb, 0,25 kb chỉ thấy xuất hiện 1 phân đoạn DNA, các phân đoạn khác đều thấy xuất hiện không đều nhau ở các dòng. Mồi RA40 cũng thể hiện tính đa hình cao. Một lần nữa khẳng định sự sai khác ở mức độ phân tử giữa các dòng chè nghiên cứu. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Nguyễn Thị Thu Hƣơng và cs Tạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ 65(03): 149 - 154 152 Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên Bảng 2: Mức độ đa hình của 8 mồi RAPD nghiên cứu Mồi Phân đoạn DNA được nhân bản Phân đoạn đa hình Tỷ lệ % phân đoạn đa hình RA31 19 19 100 RA32 8 8 100 RA36 11 11 100 RA40 17 17 100 RA45 9 9 100 RA46 9 9 100 RA142 6 6 100 RA159 7 7 100 TS 77 77 100 Mối quan hệ di truyền giữa các dòng chè dựa trên phân tích RAPD Dựa trên sự xuất hiện hay không xuất hiện các phân đoạn DNA của các giống khi điện di sản phẩm RAPD, các số liệu đƣợc tính toán và phân tích theo chƣơng trình NTSYSpc version 2. Kết quả nhận đƣợc hệ số tƣơng đồng di truyền giữa các dòng chè thể hiện ở bảng 3. Bảng 3: Hệ số tƣơng đồng di truyền của 10 dòng chè nghiên cứu Dòng CBP 150 777 295 BV02 BV19 BV21 YC03 YH01 YH06 YH05 CBP 150 1.0000 777 0.6860 1.0000 295 0.6512 0.6400 1.0000 BV02 0.6628 0.6512 0.6395 1.0000 BV19 0.6860 0.6279 0.7558 0.7907 1.0000 BV21 0.6744 0.7093 0.6512 0.8023 0.7093 1.0000 YC03 0.7093 0.6977 0.6395 0.6511 0.6047 0.6860 1.0000 YH01 0.5465 0.5349 0.4302 0.6047 0.5349 0.5698 0.6279 1.0000 YH06 0.6860 0.6047 0.5233 0.5349 0.5814 0.5233 0.6512 0.4651 1.0000 YH05 0.6512 0.6860 0.6046 0.6628 0.6628 0.6977 0.7093 0.5000 0.6163 1.0000 Hệ số tƣơng đồng di truyền phản ánh quan hệ di truyền của các cặp dòng chè với nhau. Hai dòng chè càng gần nhau về mặt di truyền thì hệ số tƣơng đồng của chúng càng lớn và ngƣợc lại hai dòng có hệ số di truyền thấp thì mối quan hệ di truyền của chúng càng xa nhau. Kết quả thu đƣợc ở bảng cho thấy, các dòng có hệ số di truyên từng cặp nằm trong khoảng từ 0,4302 đến 0,8023 trong đó hệ số tƣơng đồng di truyền thấp nhất là 0,4302 khi so sánh giữa dòng YH01 và 295, cao nhất khi so sánh giữa 2 dòng BV21 và BV02 có hệ số di truyền là 0,8023. Mức độ khác nhau thể hiện ở hệ số sai khác di truyền khi so sánh giữa các dòng chè. Biểu đồ quan hệ di truyền (hình 4) cho thấy 10 dòng chè đƣợc chia thành 2 nhánh lớn trong đó nhánh thứ nhất chỉ có một dòng là YH01 có hệ số sai khác so với các dòng trong nhóm còn lại là 0,47 (1 – 0,53). Dòng này là dòng có nguồn gốc từ xã Yên Hân - tỉnh Bắc Kạn. Nhánh còn lại bao gồm 9 dòng chia thành 2 nhánh phụ: - Nhánh phụ 1: chỉ có 1 dòng là YH06, dòng này có nguồn gốc là dòng địa phƣơng của xã Yên Hân - tỉnh Bắc Kạn, có hệ số sai khác là 0,414. - Nhánh phụ 2: có 8 dòng bao gồm: BV02, BV21, BV19, 295, YH05, 777, YC03, CBP150. Trong đó dòng BV02 và BV21 có quan hệ di truyền gần gũi nhất với hệ số sai khác thấp nhất là 0,1977, đều có nguồn gốc ở xã Bình Văn - Chợ Mới - Bắc Kạn. Nguyễn Thị Thu Hƣơng và cs Tạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ 65(03): 149 - 154 153 Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên KẾT LUẬN Đã xác định đƣợc quan hệ di truyền giữa 10 dòng chè Shan Bắc Kạn và Thái Nguyên bằng sử dụng 8 mồi ngẫu nhiên, trong đó tất cả 8 mồi đều thể hiện tính đa hình. Xét quan hệ di truyền của 10 dòng chè nghiên cứu, thấy rằng dòng YH01 có quan hệ di truyền xa nhất so với các dòng khác, với hệ số sai khác là 0,47, dòng BV02 và BV21 có quan hệ di truyền gần gũi nhất, với hệ số tƣơng đồng di truyền là 0,8023 cùng có nguồn gốc từ xã Bình Văn - Chợ Mới - Bắc Kạn. Hai dòng có quan hệ di truyền xa nhất là YH01 và 295 với hệ số tƣơng đồng di truyền là 0,4302. Lời cảm ơn: Công trình được thực hiện tại Phòng thí nghiệm sinh học, Bộ môn Sinh học, Trường Đại học Khoa học, Đại học Thái Nguyên và Phòng thí nghiệm trọng điểm Công nghệ gen, Viện Công nghệ sinh học TÀI LIỆU THAM KHẢO [1]. Lê Tất Khƣơng, Hoàng Văn Chung, Đỗ Ngọc Oanh (1999) Giáo trình cây chè, Nxb Nông nghiệp. [2]. Nguyễn Minh Hùng, Đinh Thị Phòng (2004) “Đánh giá tính đa hình RAPD genome một [3]. số giống chè”, Tạp chí Công nghệ sinh học 2(1): 109-116. [4]. Agwanda C, Lashermes P, Trouslot P, Combes MC, Charrier A (1997) Identification of RAPD markers for resistance to Coffee Berry Disease, Colletotrichum kahawae, in Arabica coffee, Euphytica 97: 241-248. [5]. Esslman EJ, Crawford DJ, Brauner S, Stuessy TF, Anderson GJ, Silva OM (2000) RAPD marker diversity within and devergence among species of Dendroseris (Asterraceae Lactuceae), Botanical Society of America, Inc., 87 (3): 591-596. [6]. Foolad MR., Arulsekar S, Rodriguez RL (1995) Application of polymerase chain reaction (PCR) in plant genome analysis. In: Gamborg OL. Philip GC (eds). Fundamental methods of plant cell. Tissue and organ culture and laboratory operations. Spinger . Berlin – Heidelberg – Newyork – Tokyo,. 281-298. [7]. Francis NW, Wayne P, Robbie W (1997) An assessment of genetic diversity among Camellia sinensis L. (cultivated tea) and its wild relatives based on randomly amplified polymorphic DNA and organelle – specific STS, Heredity, 78: 603-611. [8]. Jeffrey AT, Randall LN (1998) Identification of Diverse Soybean Germplasm Using RAPD Markers, Crop Science society of America, 38: 1348-1355. [9]. Li J, Jiang CJ, Wang ZX (2005) RAPD analysis on genetic diversity of the preconcentrated core germplasms of Camellia Sinensis in China, Biotechnology Center, Anhui Hình 4. Biểu đồ quan hệ di truyền giữa các dòng chè nghiên cứu Nguyễn Thị Thu Hƣơng và cs Tạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ 65(03): 149 - 154 154 Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên Agricultural University, Hefei 230036, China,. 27(5): 765-71. [10]. Samuel S. M. Sun (1994) Methods in plant moleculer biology and agricultural biotechnology, Asian Vegetable Research and Developement Center, Taiwan. [11]. Tang S, Bin X, Wang L, Zhong Y. (2006) Genetic diversity and population structure of yellow camellia (Camellia nitidissima) in China as revealed by RAPD and AFLP markers, College of Life Sciences, Guangxi Normal University, Guilin, PR China,. 44(9-10): 449-61. ACSESSMENT OF GENETIC DIVERSITY OF SOME SHAN TEA LINES ((CAMELLIA SINENSIS VAR: ASSAMICA (MAST.) PIERRE SEC. PHAMH)) BY RAPD TECHNIQUE. Nguyen Thi Thu Huong 1 , Nguyen Thi Thu Phuong 1 , Hoang Van Chung 2 Hoang Thi Thu Yen 12 1College of Sciences, Thai Nguyen University 2College of Argiculture and Forestry, Thai Nguyen University SUMMARY RAPD (Random Amplified Polymorphism DNA) is a means of molecular biology, used to evaluate DNA genome polymorphism of organisms. This research, we were used RAPD to evaluate the genetic polymorphism of 10 tea lines received from Cho Moi district – Bac Kan provice and Dong Hy district – Thai Nguyen provice. Tea leaves were collected and preserved in freezer or immediately used for isolating DNA. DNA was isolated by employing a protocol with washing buffer. Obtained DNA products with good quality, not smear, not change color from white to yellow in preservation process indicated, they were clean of polyphenol substances. Genetic diversity of 10 tea lines was investigated by RAPD using 8 random primers, each with 10 nucleotide in length. They are: RA31, RA32, RA36, RA40, RA45, RA46, RA142, RA159. Seventy seven of random DNA fragments were amplified in all 10 samples and 100 % were polymorphic. The bands are about from 0.2kb to 3.0kb in length. The data was processed on the NTSYSpc version 2.0 sofware programme, with number one for presence or number zero for not presence of DNA band, respectively. The physogenetic tree was divided into two the main groups. The first group include only YH01 clone. Its genetic coefficient when compares with others is 0.47. The seconds group include nine remain clones. In those, the highest genetic coefficient when compares lines BV02 with BV21 is 0.8023. Key words: tea, RAPD, diversity, genetic Similarity, Shan tea 2 Tel: 0912. 896. 298, Email:yenhoangthithu@gmail.com

Các file đính kèm theo tài liệu này:

  • pdfbrief_3841_9786_danhgiasudadangditruyenomotsogiongcheshan_6652_2052822.pdf
Tài liệu liên quan